Sejak merdeka Indonesia telah di hadapkan dengan persoalan-persoelan mengenai Integrasi nasional, persolan tersebut umumnya terjadi karena adanya konflik antara kekuatam persatuan (Tunggal ika) dengan kekuatan perbedaan (Bhinneka). Artinya ada konflik kepentingan antara kepentingan bangsa secara keseluruhan dihadapkan dengan kepentingan suatu pihak/kelompok-kelompok tertentu. Berikut contoh peristiwa yang dapat mengancam integrasi nasional :
Konflik Pusat Daerah
Peristiwa proklamasi Pemerintah Revolusioner daerah Republik Indonesia (PRRI) di Padang tahun 1958, dan proklamasi Piagam Perjuangan Semesta (Permesta) di Makasar tahun 1957 adalah contoh gerakan daerah yang bersumber pada konflik daerah dengan pusat. Pada intinya konflik ini disebabkan beberapa hal, pertama, adanya ketidakpuasan kepada pemerintah Pusat karena diangap bersahabat PKI dan tidak mendukung Presiden Sukano menerapkan sistem presidensiil.
Kedua, pemerintah mengabaikan pembangunan dan ekonomi daerah semacam ini pada umumnya didukung oleh partai atau organisasi tertentu dalam jaringan elit dan massa di pusat dan di daerah yang semakin mempertajam konflik politik (Leirissa, 1999; Harvey, 1983; Sjamsuddin, 1389: 49-69).
Peristiwa G-30 S
Konflik besar yang berdampak sangat luas dalam Sejarah Indonesia adalah peristiwa G-30S pada tahun 1965. Peristiwa. yang bermula dari pembunuhan enam jendral teras TNI Angkatan Darat (dan seorang perwira) oleh sekelompok tentara yang bekerjasama dengan PKI telah membawa perubahan politik yang sangat drastis. Pembunuhan yang berawal dari perseteruan antara Angkatan Darat yang anti-Komunis dengan PKI itu berakhir dengan turunnya Presiden Sukamo, pergantian kekuasaan dengan naiknya militer ke dalam pemerintahan, pembubaran PKI dan pembunuhan terbesar di Indonesia terhadap anggota-anggota PKI dan organisasi-organisasi onderbouw-nya. Kejadian ini mewariskan trauma bangsa yang sangat menyakitkan (Sundhaussen, 1985).
Gerakan Separatis
Semenjak kemeredekaan indonesia ber kali-kali mendapatkan ancaman dari gerakan separatis, salah satu di antaranya seperti Gerakan Aceh Merdeka (GAM), Organisasi Papua Merdeka (OPM). Tidak bisa dipungkiri Aceh memiliki jasa besar atas kemerdekaan Indonesia, mulai dari bersedianya secara sukarela memberikan harta benda, dan segala yang dimilkinya untuk Indonesia. Tak kurang 2 pesawat terbang komersial telah di sumbangkan kepada pemerintah pada tahum 1947, selain itu sejumlah dana dari rakyat aceh, serta wilayah yang dijadikan air base untuk mencari dukungan politik ke luar negeri.
